Firmaların e-defteri muhafaza etmesi ve gerektiğinde ilgili birimlere ibraz edebilmeleri için, belli yükümlülükleri yerine getirmiş olmaları gerekmektedir. Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından yayınlanan tebliğ kapsamında, elektronik defter oluşturma konusunda izin alan firmalar, e-defter muhafaza ve ibraz yükümlülüklerini gerçekleştirirken, şu hususlara uygun hareket etmek zorundadırlar: Elektronik defterler, istenildiğinde gerekli merciilere ibraz edilmek üzere, ilgili beratları ile birlikte muhafaza edilmek zorundadır. Elektronik defterler ile beratlarının veri bütünlüğünün sağlanması ile kaynağının inkar edilmezliği, güvenli elektronik imza veya mali mühür ile garanti altına alınır. Bu nedenle elektronik defterler kağıt ortamında saklanmayacaktır. Defterlerini elektronik ortamda tutanlar, elektronik defterlerini ve ilgili beratlarını vergi kanunları, Türk Ticaret Kanunu ve diğer düzenlemelerde yer alan süreler dahilinde, elektronik, manyetik veya optik ortamlarda muhafaza ve istenildiğinde elektronik, manyetik veya optik araçlar vasıtasıyla eksiksiz ve okunabilir şekilde ibraz etmekle yükümlüdür. Muhafaza ve ibraz yükümlülüğü, elektronik defterlerin ve beratların doğruluğuna, bütünlüğüne ve değişmezliğine ilişkin olan her türlü elektronik kayıt ve veri, (elektronik imza ve mali mühür değerleri dahil) veri tabanı dosyası, saklama ortamı ile doğrulama ve görüntüleme araçlarının tümünü kapsamaktadır. Bu yükümlülük elektronik defterlere istenildiğinde kolaylıkla erişebilmeyi, anlaşılabilir ve eksiksiz bir biçimde görüntüleyebilmeyi ve okunabilir kağıt baskılarını üretebilmeyi sağlayacak biçimde yerine getirilmelidir.